Les arbres et les arbustes augmentent de volume (silhouette générale) en ajoutant à leur périphérie les nouvelles pousses de l'année. Pour se faire, les nouvelles pousses se développent à partir des bourgeons. Le maximum de croissance des branches se fait aux alentours du mois de juin. La position et la longueur d'une branche est définitive après un an. Seul son diamètre augmente d'année en année.
Après plantation on considère qu'il faut environ deux à trois ans pour que la plante se remette du choc de transplantation et se remette à croître à sa vitesse normale. À partir d'un semis, la croissance des quatre ou cinq premières années est également très lente. Ces chiffres sont évidemment très variables en fonction des plantes et des conditions de culture.

En réduisant sévèrement le volume de l'arbre ou de l'arbuste, on provoque un déséquilibre racines/branches que la plante essaye de compenser rapidement en produisant des rameaux vigoureux. Avec moins de feuilles les tiges anciennes sont mal approvisionnées en sève.  Si on dépasse les limites de résistance de la plante, on l'affaiblit et on peut la faire mourir. On peut augmenter la vitesse de croissance en réduisant le nombre de branches, en coupant au-dessus des bourgeons les plus vigoureux du rameau et en orientant les rameaux vers le haut. On peut diminuer la vitesse de croissance par de multiples opérations que vous retrouverez détaillées dans les manuels de culture des bonsaïs.

La biologie des racines est un peu différente mais le principe reste à peu près le même: croissance en longueur la première année et croissance en diamètre les années suivantes.
Le simple piétinement des racines provoque un dépérissement des arbres. Les radicelles sont très fragiles. Si une racine est introduite dans une fissure, il y a de fortes chances pour qu'elle puisse élargir cette fissure. En revanche une simple surface étanche sur la hauteur des racines empêche l'arbre de pousser. Pour des arbres à racines très superficielles comme les Acer saccharum, quelques dizaines de centimètres suffisent à bloquer la progression des racines. La plupart des racines restent dans le premier mètre du sol.